1961 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı dört ana ast komutanlık olarak yeniden teşkilatlandırılmıştır.
Donanma Komutanlığı (Komutan: Oramiral Emin Murat Bilgel): görevi, emri altında bulunan Komutanlıkları savaşa hazırlamaktır. Donanma Komutanlığı'nda 6 adet filo bulunur:
Harp Filosu Komutanlığı (Gölcük, Kocaeli)
Denizaltı Filosu Komutanlığı
Denizaltı Eğitim Merkezi Komutanlığı
Serbest Çıkış Kulesi Eğitim Grup Başkanlığı
Hücumbot Filosu Komutanlığı (Gölcük, Kocaeli)
Mayın Filosu Komutanlığı (Erdek, Balıkesir)
Erdek Deniz Üs Komutanlığı
1. Arama Tarama Filottilası Komutanlığı
2. Arama Tarama Filottilası Komutanlığı
Mayın Harbi Destek Merkezi Komutanlığı
Lojistik Destek Komutanlığı (Gölcük, Kocaeli)
Deniz Hava Üs Komutanlığı (İzmit Cengiz Topel Hava Üssü)
Yıldızlar Suüstü Eğitim Merkezi (Gölcük)
Kuzey Deniz Saha Komutanlığı (İstanbul, Komutan: Koramiral Mehmet Otuzbiroğlu): Boğazlar, Marmara Denizi ve Karadeniz'den sorumludur. Görevi, savaş gemilerine lojistik ve sahil desteği sağlamaktır.
İstanbul Boğaz Komutanlığı
Çanakkale Boğaz Komutanlığı
Seyir Hidrografi ve Oşinografi Daire Başkanlığı Komutanlığı
Deniz Müzesi Komutanlığı
Kurtarma ve Sualtı Komutanlığı
Kurtarma Grup Komutanlığı
Sualtı Taarruz Grup Komutanlığı ( S.A.T )
Sualtı Savunma Grup Komutanlığı ( S.A.S )
Güney Deniz Saha Komutanlığı (İzmir, Komutan: Koramiral Kadir Sağdıç): Akdeniz ve Ege Denizi'nden sorumludur. Görevi, savaş gemilerine lojistik ve sahil desteği sağlamaktır.
Çıkarma Filosu Komutanlığı (Foça, İzmir)
Amfibi Deniz Piyade Tugayı Komutanlığı (Foça, İzmir)
Refakat ve Karakol Koruma Filosu Komutanlığı
Aksaz Deniz Üs Komutanlığı
İzmir Bakım Onarım ve İstihkam Komutanlığı
Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığı (1995'e kadar Deniz Eğitim Komutanlığı, Komutan: Koramiral Abdullah Can Erenoğlu): Görevi, Türk Deniz Kuvvetleri'nin çeşitli eğitim kurumlarında uygulanmakta olan eğitim programlarını kontrol etmek, bu eğitim kurumlarında daha kalifiye personel yetiştirmek ve bunlar arasındaki koordinasyonu sağlamaktır.
Deniz Harp Okulu Komutanlığı (Tuzla)
Deniz Lisesi Komutanlığı (Heybeliada)
Eğitim Filotillası Komodorluğu
Karamürselbey Eğitim Merkezi Komutanlığı (Yalova)
Astsubay Meslek Yüksek Okulu
( Altınova, Yalova ve Derince, Kocaeli Kampüsü )
Projeler [değiştir]Harp gemileri
Denizaltı Savunma Harbi ve Keşif Karakol Gemisi (MİLGEM) Projesi
Yeni Tip Denizaltı (AIP) Projesi
TF 2000 Projesi
Destek gemileri
Denizaltı Kurtarma Ana Gemisi (MOSHIP) Projesi
Kurtarma ve Yedekleme Gemisi Projesi
Mayın Avlama Gemisi
Yelkenli Okul Gemisi
Denizde İkmal Muharebe Destek Gemisi
MTA Sismik Araştırma Gemisi
Botlar
Acil Müdahale ve Dalış Eğitim Botları Projesi
Sualtı Taaruz Timleri Harekatı İçin İntikal Botları (SAT Botu) Projesi
Süratli Müdahale Devriye Botu Projesi
Yeni Tip Karakol Botu
Amfibi
Havuzlu Çıkarma Gemisi (LPD) Projesi
Amfibi Gemi (LST) Projesi
Süratli Amfibi Gemi/Araç (LCT) Projesi